Acht Kilometer vor der englischen Küste bereitete sich die SS Tirpitz auf ihren vernichteten Raketenschlag gegen London vor. Angespitzt von dem Verdacht einen Spion an Bord zu haben, suchte die Besatzung das gesamte Schlachtschiff ab. Schnell hatten sie den falschen Nazi-General an Deck enttarnt und umzingelt. Aber der Kugelhagel des Exekutionskommandos nahm eine seltsame Flugbahn. Zunächst prallten die Kugeln gegen eine scheinbar unsichtbare Wand, dann wurden sie mit der Barriere zusammen zurückgeworfen und schälten das Fleisch von den Knochen der Schützen. B.J. Blazkowicz hatte dem General wenige Minuten zuvor ein blau glühendes Medaillon abgenommen, das ihn auf magische Weise zu beschützen schien. Er sprang in ein Flugzeug, vernichtete das Schlachtschiff, bevor es seine tödliche Ladung entfalten konnte und flog davon.
Die Wissenschaftler des Office of Secret Actions führten das Medaillon auf eine Mystikergruppe namens Black Sun zurück, die sich im Laufe der Geschichte selbst ausradiert hatte. Doch eine deutsche Okkultistengruppe mit dem Titel Thule hatte das Symbol des Artefakts vor kurzem wieder aufgegriffen. Noch viel interessanter waren die vier Fassungen für Nachtsonne-Kristalle im Medaillon. Diese Kristalle waren nur an einem Ort der Erde zu finden. Im kleinen deutschen Städtchen Isenstadt. Dort liefen die Fäden zusammen, denn offensichtlich versammelten sich in Isenstadt hochrangige Nazi Offiziere.
Schon auf seinem Weg nach Isenstadt begegnete B.J. Balzkowicz weiteren paranormalen Phänomenen. Die Sprengung eines deutschen Spezialeinsatzzuges, der lediglich Munition enthalten sollte, kehrte die Gravitation um. Soldaten und Teile des Zuges schwebten sekundenlang in der Luft. Trotz aufgeflogener Tarnung schaffte es Blazkowicz nach Isenstadt. Er traf sich umgehend mit der Widerstands-Anführerin Caroline Becker. Die ehemalige Lehrerin hatte den Kreisauer Kreis gegründet, nachdem ihr Vater von General Zettas Soldaten erschossen wurde. Caroline ließ B.J. umgehend die Mine der Nachtsonne-Kristalle untersuchen. Darin fand er nicht nur ein identisches Medaillon, sondern ebenso einen jungen russischen Gelehrten, der B.J. Sofort erkannte, obwohl sich die beiden nie begegnet waren. Der im Auftrag des Golden Dawn tätige Gelehrte brachte Blazkowicz bei, das Thule-Medaillon richtig zu benutzen. In Verbindung mit einem Nachtsonne-Kristall war B.J. plötzlich in der Lage zu einer Schwelle zwischen unserer Realität und der Black Sun Dimension zu wechseln. Obwohl sich B.J. dadurch immer noch auf der Erde am selben Ort befand, verlieh ihm die Energie der anderen Dimension übermenschliche, magieartige Kräfte. Im Verlauf der folgenden Aufträge von Caroline und dem Golden Dawn erfuhr B.J., dass die Nazis mit Hilfe der Nachtsonne-Kristalle versuchten ein Portal in die Black Sun Dimension öffnen. Sie schufen außerdem übernatürliche Kampfmaschinen, durch Verbindungen von Menschen, Maschinenteilen und den Kristallen. Letztlich gelang es B.J. General Zetta zu stellen, der aber nur augenscheinlich ein Mensch war. Ein Blick mit dem Medaillon in den Schleier enthüllte Zetta als ein reptilienartig aussehendes Lebewesen.
Die Naziarmee nahm General Zettas Verlust alles andere als gut auf. Sie holten zum Gegenschlag auf den Kreisauer Kreis sowie Golden Dawn aus. Auf der Flucht zu einem neuen Unterschlupf viel Caroline Becker den Nazis in die Hände. Sie verschleppten die Kreisau-Anführerin in die nahegelegene mittelalterliche Festung. Wo B.J. beim Befreiungsversuch auf Zettas Stellvertreter Oberstgruppenführer Wilhelm „Deathshead“ Strasse und Hans Grosse traf. Blazkowicz gab nach, da Hans Caroline eine Waffe an den Kopf hielt. Aber gerade in dem Moment, als Deathshead Hans befahl B.J. zu erschießen, riss sich Caroline los und der Schuss, der für B.J. bestimmt war, traf das Black Sun Kraftwerk hinter ihnen. Der Treffer ließ die Energiequelle kollabieren und öffnete ungewollt einen Riss in die andere Dimension. Abgelenkt vom einfallenden spinnenartigen Alien, gelang Deathshead und Hans Grosse die Flucht, nachdem sie Caroline abschließend eine Kugel verpasst hatten.
Bei seiner Rückkehr zum Kreisauer-Kreis-Unterschlupf erfuhr B.J., dass Deathshead auf seinen Zeppelin geflohen war und plante aus sicherer Distanz mit einer Black-Sun-Energie-Waffe Isenstadt auszulöschen. B.J. kämpfte sich zum Flughafen durch, wo er an Bord eines Versorgungsflugzeugs zum Zeppelin gelangte. Unbemerkt von Deathsheads Männern fand B.J. Kreisaus Maulwurf an der Seite des Nazi-Kommandanten. Dr. Leonid Alexandrov, der Anführer des Golden Dawn, hatte die ganze Zeit für die Nazis gearbeitet. Seine Studenten hatten die Thule-Manuskripte nur übersetzt, damit er ein funktionierendes Portal in die Black Sun Dimension bauen konnte. Eins was die Reisenden ausnahmsweise nicht in Monstrositäten wie General Zetta verwandelte. Dr. Alexandrovs sehnlichster Wunsch war es, die Black Sun Dimension selbst zu erleben. Aber der blieb ihm verwehrt. Deathshead schoss ihm in den Kopf, bevor er mit Hans Grosse an seiner Seite ins Portal trat.
B.J. Blazkowicz folgte dem Duo. Ausgestattet mit einem mechanischen Kampfanzug, der von einem Thule-Medaillon wie B.J.’s angetrieben wurde, trat ihm Hans Grosse mit den selben übernatürlichen Fähigkeiten gegenüber. Trotz der scheinbaren Überlegenheit des Nazi-Muskelprotzes triumphierte Blazkowicz letzten Endes. Die Explosion von Grosses Anzug riss die gigantische Todesmaschine mit sich. B.J. entkam in letzter Sekunde durchs Portal und sprang samt Fallschirm über Bord. Wenige Augenblicke später stürzte der feuerballartige Zeppelin in die Nazi-Burg. B.J. hoffte, Deathshead hätte bei der Explosion sein Leben gelassen.