Die Black Mesa Ereignisse resultierten im 7-Stunden-Krieg. Lediglich sieben Stunden brauchte das Combine, um mit ihrem Portal-Ansturm aus der Xen Dimension die gesamte Verteidigung der Erde zu vernichten. Dr. Wallace Breen verhandelte damals im Namen der Erde die Kapitulation. Seit diesem Zwischenfall lebten die Überlebenden zusammengepfercht in Großstädten, während die Fauna anderer Welten die Areale darum unbewohnbar machte. Zur Zeit des Krieges war Alyx noch ein Kind gewesen, was mit ihrem Vater, Eli Vance, in Black Mesa lebte. Mittlerweile war sie 19 und gehörte zu einer kleinen Widerstandsgruppe, die sich in City 17 dem Combine zur Wehr setzte. Eli und sein alter Freund Russel hatten gerade auf einem Beutezug dem Combine einen Reaktor gestohlen, als Alyx ihnen von ihrer merkwürdigen Beobachtung erzählte. Das Combine transportierte Vorräte in die Quarantänezone.
Damit war Alyx Aufklärungsauftrag für den Tag erledigt. Sie machte sich auf den Heimweg. Aber noch etwas anderes schien falsch zu laufen. Alarmsirenen heulten los, Energiewände wurden hochgefahren und Combine Truppen fluteten die Straßen. Es sah nach alles anderem als einer Routine-Inspektion aus. Im dem Moment, wo Alyx aus dem Fahrstuhl stieg, sah sie das Ziel der Suche. Vor ihrem Apartment wimmelte es von Combine Truppen. Sie richteten sofort ihre Waffen auf Alyx. Mit gehobenen Händen beteuerte die Widerstandskämpferin dort zu wohnen. Die Identifizierung einer Drohne bestätigte es. Die Combine Truppen ließen von ihr ab. Aber von ihrem Vater, Eil, wichen sie nicht. Der Combine Kommandant wollte wissen was er gestohlen hatte und was er sah. Eli riegelte ab, bevor ein Elektroshock von hinten ihn zu Boden zwang. Alyx wollte ihm zur Hilfe eilen. Aber der nächste Elektroshock galt ihr.
Sie kam alleine in einem Gefangenentransport wieder zu sich. Der Fahrer befahl ihr Stillzusitzen. Bevor sie reagieren konnte, krachte eine Drohne in die Windschutzscheibe des Fahrzeugs. Die folgende Explosion schaltete Fahrer und Beifahrer aus. Selbige Drohne übergab ihr ein Headset, über das sich Russel bei ihr meldete. Er hatte das Manöver ausgelöst. Leider wusste er nicht, wer der Vances in welchem Transporter steckte und ihm blieb nur die Feuerpower für einen Angriff. So kam Alyx frei und ihr Vater verweilte in Gefangenschaft. Noch war er auf dem Weg zum Aufbewahrungsbereich. Aber sobald das Combine ihn identifizieren würde, würden sie ihn nach Nova Prospekt bringen. Einer Einrichtung, in der das Combine seinen Gefangenen die Gehirne aussaugte und sie zu willenlosen Kampfmaschinen für ihr eigenes Militär machte. Die brennende Frage war, was Eli und Russel gefunden hatten, das so wichtig fürs Combine zu sein schien. Russel konnte es nicht erklären. Aus seiner Sicht hatten sie lediglich ein paar unscharfe Fotos einer metallischen Einrichtung gefunden. Aber was auch immer das Ding darstellte, das Combine war ganz offensichtlich gewillt jeden zu töten, der davon wusste.
Russel entwickelte einen Plan, wie sie gemeinsam Eli befreien könnten. Er kaperte einen alten ausrangierten Zug. An Bord dieses sollte Alyx durch die Quarantänezone steuern und bei Fairview Junction aussteigen. Dort trafen die Gleise die von Elis Gefängnistransport. Alyx sollte vor Ort einen digitalen Einstieg ins System schaffen, worüber Russel den Zug stoppen könnte. Alles was Alyx dann noch zu tun hätte, wäre die Combine Sicherheitsmannschaft auszuschalten und ihren Vater heraus zu holen.
Der Weg zur Gleisanlage verschlug Alyx in einen merkwürdigen Tunnel mit leuchtenden Alien-Graffitis und einer Wurmlochähnlichen Konstruktion aus Wellblechplatten. Die Bahnwagontür am Ende des Tunnels öffnete ihr ein Vortigaunt. Er hieß sie willkommen. Alyx hatte die Graffitis nie deuten können, aber laut ihm waren sie offensichtliche Hinweise auf sein Versteck gewesen. Der Vortigaunt verfiel in ein Ritual, was Alyx in einem grünen leuchten aus Schrott seine Botschaft symbolisierte. Das Combine hielt Anhänger seines Volkes in Käfigen gefangen, die optisch einer Eisernen Jungfrau ähnelten. Fasst prophetisch sagte er, Alyx würde sie befreien. Alyx winkte ab, da sie ihre Priorität ihrem Vater galt. Doch der Vortigaunt erschreckte sie mit den Worten, Eli sei tot. Oder zumindest würde er es bald sein. Eine Vorhersage, die Alyx bald verstehen würde.
Der Vortigaunt war eines der unzähligen Kriegsopfer. Das Combine hatte sich im wahrsten Sinne des Wortes in seinen Kopf gebohrt und ihn damit von der Vortessence getrennt. Abgeschnitten von seinem Volk, half er Alyx, damit sie ihm half. Mit den Worten: „Look to the Northern Star.“ zeigte er Alyx den Weg auf.
Bis zu ihrem Eintreffen in Fairview Junction lief alles glatt. Auch die Ersatzteile fürs Bahn-Terminal hatte Alyx schnell gefunden, doch gerade, als sie das Terminal für Russels Hack aktivieren wollte, brach der Schalter ab. Von einer Sekunde auf die andere ging ihr gesamter Plan den Bach runter. Alyx blieben nur wenige Augenblicke, um den Zug zu stoppen und ihren Vater zu retten. Sie rannte zur Weichensteuerung und zerrte den Hebel mit aller Gewalt zu sich. Sekundenbruchteile später krachte der Zug ins Mauerwerk des zubetonierten Tunnels. Die nachfolgenden Wagons sprangen von den Gleisen und kamen unter schleifendem Getöse zum stillstand.