Vor Tausenden von Jahren bedrohte der Zerstörer die Milchstraßengalaxie. Eine gewaltige intergalaktische Kreatur aus einer anderen Dimension. Auf Kosten ihrer eigenen Zivilisation, errichteten die Eridianer ein gigantisches Gefängnis für dieses Monstrum. Diese undurchdringbare Eridium-Kugel war derart groß, dass sie einem Planeten glich. Doch das Gefängnis hatte einen Haken. Der darin eingesperrte Zerstörer musste alle zweihundert Jahre gefüttert werden. So erfanden die Eridianer die Legende des Vaults und tauften den Planeten am Galaxie-Rand ironischerweise Pandora. Der Legende nach beinhaltete die sagenumwobene Kammer außerirdische Technologie, Macht und Ruhm. Ließ sich jedoch nur alle 200 Jahre öffnen.
Jahrtausende später entdeckte einer der größten Mega-Konzerne, die Atlas Corporation, auf Promethea ein Vault. Es war tatsächlich mit außerirdischen Waffen gefüllt. Schnell verbreitete sich das Gerücht weiterer derartiger Schatzkammern auf verschiedenen Planeten. Dem uralten Eridianer Mythos folgend, errichtete Atlas einen Pandora Außenposten. Viele freie Kolonisten folgten ihnen und erschufen ebenfalls behelfsmäßige Archäologische Ausgrabungsstätten. Nach Jahren der vergeblichen Suche, zog Atlas sich von Pandora zurück und überließ die Bühne neuen Schatzsuchern.
Die Dahl Corporation, ein zweiter Mega-Konzern, nistete sich unter dem Vorwand dort ein, die großen Mineralien-Vorkommen abbauen zu wollen. Sie transferierten Gewaltverbrecher sowie anderes Gesindel aus Gefängnissen in ihre Pandora Minen und begannen insgeheim ihre Vault-Suche. Dahls Forschungsteam wurde von der anerkannten Xenoarchäologin Patricia Tannis geleitet. Doch die aggressive Tierwelt Pandoras kostete die meisten Forscher ihr Leben. Tannis überlebte, erlitt jedoch in Folge des Todes ihrer Freunde mehrere Nervenzusammenbrüche. Um diese zu überwinden, sowie ihre Einsamkeit zu kompensieren, erschuf Tannis den ECHO Recorder und das ECHOnet, ein Planetenumspannendes Kommunikationsnetz. Im Laufe der Monate gelang es Patricia Tannis tatsächlich das erste Fragment des Vault-Schlüssels zu bergen und damit die Existenz der Kammer zu beweisen. Die Transmission dieser Entdeckung fing Atlas ab und mobilisierte augenblicklich ihre Militärstreitmacht, die Crimson Lance. Sie kidnappten Tannis, um von ihr den Standort des Vaults zu erlernen.
Für die Dahl Corporation lief es alles andere als gut. Parallel zum Kidnapping ihrer Forscherin, ließ ihre Methan Mine auf Pandoras Mond, Elpis, diesen aufbrechen. Das Ereignis kostete sie sämtliche Schiffe im Orbit und ihre Armee. Mit Atlas bevorstehender Invasion, zog sich Dahl aus dem Sonnensystem zurück. Sie evakuierten jedoch nur die wohlhabenden Kolonisten. Tausende minderbemittelte blieben auf Pandora zurück. Noch schlimmer waren jedoch die dadurch freilaufenden Verbrecher. Sie bemächtigten sich der Waffen ihrer früheren Wächter, formten Banden und terrorisierten die lokale Bevölkerung. Vor ihrem Ausbruch war Pandora ungastlich, mit ihnen der Albtraum jedes normalen Menschen.
Einer der im Chaos aufsteigenden Banditenfürsten war Krom. Zu Beginn weniger ein Verbrecher, sondern Wachmann einer der Gefängnisse. Sein Diebstahl des ersten Schlüsselteils von Tannis ließ ihn zum Herrscher eines Schluchten durchzogenen Wüstenabschnitts werden. Der Hammerschwingende Sledge machte sich hingegen einen Namen, indem er ein Zelt aus der Haut einer Siedlerfamilie fertigte. Nachdem auch Sledge ein Schlüsselfragment fand, trieb er Siedler zusammen und ließ sie in Dahls Mine nach weiteren graben.
Ebenfalls angezogen, von den Gerüchten unendlichen Reichtums, fanden vier Vault Hunter ihren Weg nach Pandora. Ex-Crimson-Lance-Soldat Roland, Sprengstoffexperte Brick, Scharfschütze Mordecai und die Maschinenpistolen schwingende Lilith. Sie war eine von nur sechs Sirenen der Galaxie. Was Lilith übermächtige psychische Kräfte verlieh. Bei einem derart seltenen Vorkommen, sollte man glauben, Lilith wäre die einzige Sirene der Borderlands Geschichte. Doch weit gefehlt! Kurz nachdem die Truppe Dahls ehemalige Hauptsiedlung, Fyrestone, erreichte, kontaktierte sie Angel. Diese zweite Sirene, nutzte ihre Phasenverschiebungsfähigkeiten, um sich im ECHOnet einzunisten. Alles überblickend geleitete Angel die Vault Hunter zu ihrem Ziel. Sie hetzte die Truppe auf Sledge, wo die Jäger sich des ersten Schlüsselfragments bemächtigten.
Was glaubt ihr, wie hoch die Chancen standen eine dritte Sirene auf Pandora zu treffen? Nun, wie sich herausstellte, erstaunlich hoch. Denn Kommandantin Steele, die Anführerin besagter Atlas Militärstreitmacht war ebenfalls eine. Sie befahl den Jägern, die Eliminierung der Banditenfürsten umgehend abzubrechen, sich zu ergeben und sämtliche Eridianer Technologie der Crimson Lance zu übergeben. Eine Anordnung, der sich die Vault Hunter selbstverständlich widersetzten. Unter Leitung von Archäologin Tannis bargen sie Kroms Schlüsselfragment, sowie das eines gigantischen vieräugigen Monstrums in der Wüste. Was den vier Jägern jedoch entging, war dass Kommandantin Steele zwischenzeitlich Tannis kidnappte und mit ihr zusammen einen hinterhältigen Plan ausheckte. Sie ließen die Vault Hunter glauben, es gäbe ein finales viertes Schlüsselfragment und hetzten sie so ins Flachland zu Baron Flynt. Erst als Flynt ins Gras biss, enthüllte Steele ihren Plan. Sie schaltete das ECHO Network ab, unterband damit sämtliche Kommunikation und ließ ihre Armee gleichzeitig die Siedlungen Pandoras stürmen. Den Vault Huntern gewährte sie für ihre unfreiwilligen Dienste eine letzte Gelegenheit, den Planeten ungestraft zu verlassen. Selbstverständlich hielten die Vier sich nicht daran. Man wächst schließlich nicht sein ganzes Leben mit dem Traum des Vaults Fundes heran, um dann kurz davor aufzugeben.
Die Vault Hunter schlossen gerade rechtzeitig zu Kommandantin Steel auf, um deren Verschmelzung der Schlüsselfragmente und Öffnung des Vaults beizuwohnen. Doch bevor die Crimson Lance Soldaten in die Tiefen des violetten Portals schritten, spießte das erste Tentakel des Zerstörers bereits Steele auf. Während Atlas Soldaten einer nach dem anderen fielen, behaupteten sich die Vault Hunter. Der Zerstörer war praktisch unsterblich, aber sein monströser Körper, der durchs Dimensionsportal trat, dennoch verwundbar. Mit vereinter Kraft, gelang es den Vault Huntern den Wirtskörper des Zerstörers zu vernichten und das Portal wieder verschließen. Der Zerstörer würde eines Tages ausbrechen, ob mit Hilfe von Menschen oder weil sein Gefängnis nachgab. Aber für die nächsten 200 Jahre schien Pandora sicher zu sein.
Auch wenn das Vault nicht ganz den Erwartungen der Jäger entsprach, kam das Endergebnis den Versprechungen doch nahe. Patricia Tannis zahlte ihnen eine beträchtliche Summe für den Schlüssel und Roland vereinte die zurückgelassenen Atlas Soldaten als Crimson Raiders, für einen Kampf gegen Hyperion.
Wer Hyperion ist, wollt ihr wissen? Nun, das ist eigentlich eine andere Geschichte. Aber wie sich herausstellte, war Angel, die Sirene, welche die Vault Hunter leitete, die Tochter eines Hyperion Programmierers namens Jack. Der gleiche Mega-Konzern produzierte ebenso die unzähligen Claptrap Roboter, welche die Vault Hunter unterstützten. Entgegen Atlas, war Hyperion bewusst, was sich im Vault verbarg. Sie wollten den Zerstörer in eine von ihnen kontrollierte Waffe verwandeln und profitierten immens von dem Eridium, was sich durch die Vault Öffnung auf Pandora verteilte. Aber wie genau das vor sich ging, ist wirklich eine Geschichte für ein anderes Mal …